Касаемо возможной опасности грибов для растений и неизученности вопроса. Многие грибы и бактерии, действительно, в зависимости от условий, могут быть или не быть патогенами. Если нет, то какая-то польза от них есть - либо мобилизация пулов биогенных элементов в отмершей органике (сапротрофы), либо мутуалистический симбиоз с растениями. Вопрос не исследован лишь в том смысле, что взаимодействие каких-то конкретных видов изучено хорошо, вплоть до молекулярного уровня, а многих других - нет. Можно ещё добавить, что начавшиеся исследования тотальной ДНК в образцах почвы показали - мы вообще не знали о существовании 90% её микрофлоры! Но это вовсе не значит, что новообнаруженные её представители - враги растений или человека. Также незнание деталей симбиозов не мешало ещё в советское время убедиться: чтобы вырастить лесные растения на безлесной территории (речь идёт о вековой и тысячелетней безлесности, а не о свежей вырубке), нужно засеять субстрат микрофлорой из образцов лесной почвы. И всё. Это факт. Как факт и то, что мы никогда не будем знать всего. А сталкиваться с явлениями, которых не знаем, всё равно придётся.
По существу, здесь тот же выбор, что и обычно. Либо мы будем всё пытаться контролировать, собирать простенький агроценоз, нежизнеспособный без нашего участия, заливать его пестицидами, а потом удивляться, что всё не так. Либо будем учиться у Природы и помогать вырасти действительно устойчивому сообществу, минимально нуждающемуся в нашей заботе. А высвободившиеся время и финансы уж найдём, куда девать

Кстати, пытаюсь идти по этому пути и пока нет такого, что некуда девать время
